Phương pháp nấu thuốc đông y có ảnh hưởng lớn đến hiệu quả của thuốc. Nếu phương pháp không chính xác, thường sẽ không đạt được hiệu quả mong muốn. Một số loại thảo dược có đặc tính đặc biệt, do đó, có những yêu cầu đặc thù trong việc nấu, như cần nấu trước, dùng sau, gói nấu, nấu khác, uống trực tiếp hay hòa tan.
Những loại thảo dược có tính chất khoáng, ví dụ như dương xỉ, hay những loại dược liệu độc như phụ tử cần được nấu trước, tức là cho dược liệu vào nồi nấu trong 30 phút, sau đó mới thêm các loại thuốc khác vào nấu chung; các loại dược liệu có hương vị thơm như bạc hà, hay những loại có thành phần dễ bị phá hủy sau khi nấu lâu như câu đằng cần được thêm sau, tức là cho các loại thuốc khác vào trước, chờ cho nước thuốc nấu đến lượng thuốc đã định, rồi mới thêm vào nồi nấu cùng trong 5 phút là đủ; những loại dược liệu có nhiều chất nhớt như hạt kế, hay những loại có nhiều lông như tinh hoa cần được gói nấu, tức là dùng vải gạc bọc thuốc lại rồi nấu chung với các loại dược khác; những loại thuốc quý như nhân sâm cần được nấu riêng; những loại thuốc ít dùng, quý giá như nhung hươu cần được xay thành bột và hòa với nước nóng để uống; các loại thuốc dạng keo như địa cầu cần được hòa tan, tức là cho thuốc vào dung dịch nóng (nước sôi, rượu vàng hoặc nước thuốc đã nấu sẵn) để hòa tan. Do đó, khi nấu thuốc đông y, không nên chỉ vì tiện lợi mà không phân biệt mà cho tất cả các loại thuốc vào nồi nấu cùng một lúc.
